اين موزه كه از موزه هاي قديم ايران و از گنجينه هاي كم نظير به شمار مي رود در آبان ماه سال 1304 ش افتتاح شد و در سالهاي اخير حياتي دوباره يافت و فعاليت دوره جديد خود را در 19 تير ماه 1372 با چهره اي نوين و در سطحي بسيار بالاتر از پيش شروع كرد . پيش از تشكيل موزه به صورت فعلي آثار و نفايس موجود در محلي موسوم به خزانه نگهداري مي شد . در آبان سال 1314 ش سالن موزه افتتاح شد و اين محل مركز ذخاير و نگهداري مجموعه آثار وقفي متعلق به آستانه بود كه لزوم حفاظت از آنها موجب شد تا متوليان امر موضوع تشكيل خزانه حراست از آثار و نفايس را مورد توجه قرار دهند . فعاليت اين موزه تا حدود سالهاي 1353 ش ادامه داشت و در اين تاريخ به دلايل متعدد از جمله لزوم گسترش فضاي جانبي موزه مجموعه آثار جمع آوري و به طور موقت در يكي از ملحقات و مقابر حرم مطهر به امانت گذارده شد . برنامه احياي موزه در ساختمان كنوني با تغييراتي كه در بنا صورت گرفت چندي به طول انجاميد و همان گونه كه از كتيبه سردر ساختمان مشهود است در هشتم فروردين سال 1361 ش موزه آستانه مقدسه مجددا به روي علاقه مندان گشوده شد . اين دوره از حيات موزه تا اواخر سال 1371 ادامه داشت و متعاقب آن با افزايش آثار نفيس و اشياي بازيافته و انتقالي از ساير بقاع لزوم افزايش سطح و امكانات نمايشي موجب شد پاره اي تغييرات و تعميرات همراه با افزايش ويترين هاي نمايشي بازسازي و الحاق طبقه زيرين بنا به فضاهاي نمايشي و ..... صورت گيرد . موزه در 19 تير ماه 1372 ش بازگشايي شد . اين موزه با مساحتي حدود هزار مترمربع در دو طبقه داراي بخش هاي نمايشي . اداري و موزه داري است و از خدمات بخش مرمت و بازسازي آثار خطي نيز بهره مي گيرد . دو تالار بزرگ نمايشي با ازاره هاي كاشي كاري شده زيبا و بديع كه در كنار صحن حرم آستانه قرار دارد مجموعه هاي بسيار نفيس و با ارزشي را در خود جاي داده است . مجموعه اصلي اموال فرهنگي اين موزه را آثاري تشكيل مي دهد كه به صورت وقف و اهدا به مرقد مطهر حضرت فاطمه معصومه (س) و يا به دلايل حفاظتي از ساير بقاع متبركه شهرستان قم به اين مركز فرهنگي منتقل شده اند . در ميان اين آثار گنجينه كم نظير قرآن هاي نفيس خطي قرار دارد كه عموما از وقفيات عصر صفويه تا پايان دوره قاجاريه است . همچنين قرآني به خط كوفي از آخرين سالهاي قرن دوم هجري و چند جلد كلام الله مجيد از ادوار تيموري تا پايان سده سيزدهم هجري به انواع خط كوفي . ثلث . نسخ و برخي با ترجمه فارسي به خط نستعليق موجود است . اين آثار در طبقه هم كف موزه در معرض تماشا قرار دارد و غالبا مذهب و مزين به انواع هنرهاي كتاب آرايي و جلدسازي ايراني است . در بخش ديگري از موزه مجموعه بافته هاي دوره صفوي . كاشي هاي محراب . مرقد و كتيبه هاي محراب . مرقد و كتيبه هاي دوره ايلخاني تا قاجار در معرض ديد قرار دارند . در ميان آنها كاشي هاي لعابي لاجوردي و زرين فام و انواع خشتي و كوكبي . چليپا و سنگهاي منقوش ازاره مقابر سلاطين صفوي و قاجاريه به ويژه كاشي هاي بقعه (علي بن جعفر) و شاهزاده اسماعيل و كاشي محراب متعلق به سال 667 ه. ق شايان توجه هستند . از اين آثار با اشكال انسان و پرندگان . احاديث منسوب به رسول اكرم و سوره هايي از قرآن كريم و اشعاري از شاهنامه فردوسي است و بعضي به تاريخ سده هفتم ه. ق ساخت كارخانه سيد ركن الدين كاشان است كه تصاوير معدودي نظاير آنها زينت بخش معتبرترين موزه هاي جهان است . جز آنچه ذكر شد موزه آستانه مقدسه نمونه هايي از تابلو نقاشي . مينياتور . شمايل . هنرهاي خاتم سازي . حجاري . حكاكي . فلزكاري و قلمدان سازي را از قرن دهم تا پايان قرن چهاردهم و ظروف شيشه و سفالين دوره هاي مختلف تاريخي و مجموعه اي از مسكوكات اسلامي را به معرض تماشا گذارده است .