بنای اصلی مسجد جامع گرگان در محله نعلبندان این شهر واقع شده است. با توجه به وجود مناره آجری دوره سلجوقی، بنای اولیه مسجد نیز به همان دوره تعلق دارد و در دوره های بعدی به طورگسترده باز سازی، تعمیر و تزئین شده است. در حال حاضر به غیر از مناره ، اثر دیگری از بنای اولیه مسجد بر جای نمانده است. بیشتر بازسازی ما در دوره تیموری، صفوی و دوره حاضر صورت گرفته است. ‏بنای مسجد با طرح مربع مستطیل، وسعتی حدود 1600 متر مربع را در بر می گیرد و شامل صحن وسیع مستطیل شکل ،ایوانهای شرقی وغربی ، شبستان های چهارگوشه بنا، ورودی های شمالی و جنوبی، مناره دوره سلجوقی وکتیبه ها و سنگ نوشته های تاریخی است. مناره آجری بنا با طرح استوانه ای تزئین آجرکاری وکتیبه کوفی آجری دارد و قابل مقایسه با دیگر مناره های دوره سلجوقی است. به نظر می رسدکه بخش فوقانی منار ویران شده و به جای آن یک مأذنه چربی در دوره های بعد جایگزین شده است. ‏از آثار نفیس و تاریخی مسجد می توان به در و منبر چوبی منبت کاری شده و فرامین و سنگ نوشته های پادشاهان صفوی و افشاریه اشاره کرد. در قدیمی و منبت مسجد کتیبه ها وکنده کاری های زیبایی دارد که برای نگهداری و حفاظت برداشته شده و به جای آن درجدیدی قرار داده شده است. منبر نفیس و تاریخی مسجد نیز دارای کتیبه ها یی است که بر اساس متن آنها ، ا ین مسجد و منبر یکبار در سال 895 ه. ق در زمان پادشاه معین الدین ابوالقاسم بابر حاکم هرات - توسط امیر بابا حسن- فرماندار استر آباد- و بار د یگر در سال 1018 ه. ق در زمان شاه عباس اول توسط قطب الد ین احمد بن ملا علی استر آبادی و سرانجام به سال 1157 ه. ق در زمان نادر شاه افشار توسط حاجی قر بان آقا- ناظر محمد حسین خان قاجار بیگلر بیگی استر آباد- تعمیر و باز سازی شده است. فرامین و وقف نامه های موجود در مسجد دارای تاریخ ها یی از اوایل دوره صفوی تا اوا یل دوره قاجاریه است و موضوعات مختلفی را شامل می شود.